Na obrzeżach dzisiejszego Zadaru odnaleziono ślady osady neolitycznej, która najprawdopodobniej pochodziła z IX wieku p.n.e. Zadar zostało podbity przez Rzymian w ramach ich wielkiej kampanii wojskowej rozpoczętej na wschodnim wybrzeżu Adriatyku pod koniec II wieku p.n.e. Około 200 lat zajęło im podporządkowanie rodzimych Ilirów i w połowie I wieku p.n.e. Zadar (znany jako rzymska Iadera) osiągnął status rzymskiej gminy, a później kolonii rzymskiej. Miasto zostało zorganizowane zgodnie z typowym rzymskim systemie ulic- na planie prostokąta z forum, termami, siecią kanalizacyjną i akweduktami transportującymi wodę z jeziora Vrana.

Gdy Święte Cesarstwo Rzymskie się podzieliło, Zadar stał się częścią Rzymskiego Imperium Wschodniego, czyli Bizancjum. Stał się stolicą bizantyjskiej Dalmacji i stan ten utrzymywał się do końca I wojny światowej.

Około VI- VII wieku doszło do migracji Słowian w tym regionie, a podczas panowania króla Tomislava, Zadar uczestniczył w synodach w Splicie. Jednak Zadar pozostał przy głagolicy podczas obrzędów liturgii, nie przechodząc na łacinę.

Kiedy Wenecjanie przenieśli swe wpływy na wschodnie wybrzeże Adriatyku na początku IX wieku, Zadar był wyraźnym ich celem. Od połowy XII do połowy XIV wieku Zadar stawił potężny opór weneckiej dominacji. Wenecja przejęta Zadar kilka razy, ale miastu zawsze udało się usunąć okupanta.

W XV wieku Zadar stanął w obliczu nowego zagrożenia w postaci tureckich ataków. Począwszy od drugiej połowy wieku powtarzające się bitwy turecko- weneckie i tureckie ataki na miasto zdewastowały rejon Zadaru. Większość murów obronnych i wież Zadaru zostało zbudowanych w celu ochrony przed Turkami i trwają one do dziś.

Po upadku Republiki Weneckiej w 1797 roku, do Zadaru wkroczyły wojska austriackie. Pomimo chęci i oczekiwań Zadaru, iż zostanie zjednoczony z resztą Chorwacji, miasto oraz całą Dalmację poddano bezpośredniej władzy Wiednia. Po krótkim okresie okupacji francuskiej, Austriacy powrócili na te tereny i rządzili nimi aż do 1918 roku.

Pod koniec I wojny światowej, Włosi zajęli Zadar. Miasto na podstawie Traktatu z Rapallo w 1920 roku oficjalnie zostało włączone w granice Włoch. Traktat uczynił z Zadaru małą enklawę na tereniw Włoch w ramach Królestwa Serbów, Chorwatów i Słoweńców (późniejsza Jugosławia). Coraz bardziej faszystowski rząd włoski wprowadził jednak program przymusowej italianizacji Zadaru (i jego innych terytoriów), które trwały aż do kapitulacji Włoch w 1943 roku.

Podczas II wojny światowej wojska niemieckie wkroczyły do Zadaru. Miasto zostało silnie zbombardowane w 1944 roku. Zniszczono prawie 60% półwyspu. Partyzanci Tito przybyli do Zadaru 31 października 1944. Wtedy to Zadar stał się częścią Jugosławii.
Miasto niezwykle ucierpiało podczas walk, jakie się rozegrały w trakcie wojny domowej pod koniec XX wieku. Siły serbskie intensywnie ostrzeliwały miasto w okresie od 1991 do 1993, odcinając miasto od Zagrzebia i okolicy. Dopiero koniec wojny w Jugosławii w 1995 roku ocalił miasto od całkowitego zniszczenia.